กาแฟมีคาเฟอิน ซึ่งสามารถกระตุ้นประสาทส่วนกลางและกล้ามเนื้อ ทำให้ผู้ดื่มรู้สึกสมองสดชื่น ตื่นเต้น และช่วยแก้ความอ่อนเพลียของกล้ามเนื้อ เพิ่มประสิทธิภาพการทำงานให้สูงขึ้น
กาแฟเป็นผลดีต่อผิวพรรณ เพราะว่ากาแฟสามารถทำให้เลือดไหลเวียนได้คล่อง ช่วยให้อวัยวะย่อยอาหารทำงานได้ดีขึ้น ช่วยแก้ปัญหาท้องผูก และเวลาอาบน้ำ ผสมผงกาแฟลงไปด้วย จะมีบทบาทช่วยลดไขมัน
กาแฟช่วยแก้เมา เพราะคาเฟอินจะไปเสริมสมรรถนะของตับและไต หลังดื่มเหล้าแล้ว จะช่วยละลายแอลกอฮอร์ให้เป็นน้ำและไคบอนไดออกไซต์ ขับออกจากร่างกาย
ดื่มกาแฟวันละ 3 ถ้วย จะป้องกันนิ่วในถุงน้ำดีได้ เพราะว่าคาเฟอินสามารถกระตุ้นให้ถุงน้ำดีหดตัว ลดคอเลสเตอรอลในถุงน้ำดี ซึ่งเป็นสารที่จะทำให้เกิดนิ่วในถุงน้ำดี ผลการวิจัยจากมหาวิทยาลัยฮาเวิร์ด สหรัฐฯ ปรากฎว่า ผู้ชายที่ดื่มกาแฟ2-3 ถ้วยต่อวัน จะเป็นนิ่วในถุงน้ำดีต่ำกว่าผู้ไม่ดื่มกาแฟ 40%
กาแฟมีผลป้องกันหัวใจ ทำให้เจริญอาหาร ขจัดไขมัน ขจัดความชื้นออกจากร่างกาย
กาแฟสามารถขจัดกลิ่นปาก เมื่อรับประทานกระเทียมหรืออาหารที่มีกลิ่นแรง สามารถดื่มกาแฟสักถ้วยหนึ่งเพื่อช่วยขจัดกลิ่นปาก
กาแฟช่วยป้องกันมะเร็งลำไส้ใหญ่และมะเร็งตับ
เมื่อรับประทานอาหารประเภทเนื้อมากแล้ว ดื่มกาแฟจะทำให้กระเพาะอาหารมีน้ำย่อยออกมามากขึ้น ช่วยละลายไขมัน แต่สำหรับผู้ป่วยเป็นโรคกระเพาะอาหาร ไม่ดื่มกาแฟดีกว่า
กาแฟดำมีผลช่วยลดความอ้วนได้ หลังอาหารเที่ยงครึ่งชั่วโมงถึง 1 ชั่วโมง และก่อนเลิกงานดื่มกาแฟดำข้นที่ไม่ใส่น้ำตาล และเดินเล่นอีกสักพัก จะได้ช่วยเผาผลาญไขมัน จนลดความอ้วน
กาแฟดำสามารถช่วยแก้อาการความดันโลหิตต่ำ
แม้ว่ากาแฟมีคุณประโยชน์หลายประการ แต่ถ้าดื่มกาแฟมากเกินไป จะทำให้หัวใจเต้นเร็ว ความดันโลหิตสูงขึ้น ปวดหัว นอนไม่หลับ มีอาการเหล่านี้เป็นเวลานานจะส่งผลกระทบต่อระบบประสาท จนทำให้เกิดผลแทรกซ้อน เช่นความจำเสื่อม ปฏิกิริยาช้าลง

ผู้เชี่ยวชาญสรุปว่า โทษของกาแฟมีดังนี้

ทำให้ความดันโลหิตสูงขึ้น ผลการวิจัยปรากฎว่า ดื่มกาแฟแก้วหนึ่งแล้ว ความดันโลหิตจะสูงขึ้นนานถึง 12 ชั่วโมง ดังนั้น กลุ่มคนที่เป็นความดันโลหิตสูง ไม่ควรดื่มกาแฟขณะรู้สึกเครียด หรือมีแรงกดดันมากจากการทำงาน
กาแฟจะส่งผลกระทบต่อการดูดซึมแร่ธาตุ คาเฟอินจะส่งผลกระทบต่อการดูดซึมแร่ธาตุของลำไส้ เช่นแคลเซียม เหล็กและสังกะสี ดังนั้น เด็กไม่ควรดื่มกาแฟ
กาแฟจะทำให้ผู้ป่วยโรคกระเพาะอาหารเป็นแผลร้ายแรงขึ้น เนื่องจากกาแฟจะทำให้กระเพาะอาหารมีน้ำย่อยออกมามากขึ้น จนทำให้เป็นแผลมากขึ้น ดังนั้น ผู้ป่วยโรคกระเพาะอาหารที่เป็นแผลในกระเพาะไม่ควรดื่มกาแฟมาก โดยเฉพาะในช่วงท้องว่าง
กาแฟจะทำให้กระดูกพรุน เนื่องจากคาเฟอินมีคุณประโยชน์ทำให้ขับปัสสาวะมากขึ้น ถ้าดื่มกาแฟเป็นเวลานาน จะทำให้สูญเสีแคลเซียมยไปกับปัสสาวะมาก จนกระดูกพรุน โดยเฉพาะสำหรับผู้หญิงหลังวัยทอง ไม่ควรดื่มกาแฟมากเกินควร
หญิงตั้งครรภ์ถ้าดื่มกาแฟมาก จะทำให้ทารกที่อยู่ในครรภ์เติบโตไม่เป็นปกติ หรืออาจแท้งได้
กาแฟจะทำลายวิตามิน B1 ซึ่งเป็นวิตามินที่รักษาความสมดุลและความมั่นคงของระบบประสาท ดังนั้น ผู้ที่ขาดวิตามิน B1 ไม่ควรดื่มกาแฟ"